En diciembre de 1997, la Armada de Chile y el Consorcio Franco - Español, DCN - Bazán (hoy NAVANTIA), firmaron un contrato que determinó la construcción de dos Submarinos clase "Scorpéne", los que estarían destinados a reemplazar los antiguos submarinos de la clase "Oberon", que con 30 años de destacado servicio, habían cumplido ya su vida útil.

El "Carrera" comenzó su proceso de construcción el año 2004 y el 20 de julio de 2006, en una ceremonia presidida por la Ministra de Defensa de Chile de la época, Vivian Blanlot y con la presencia del, en ese entonces, Comandante en Jefe de la Armada, Almirante Rodolfo Codina y el Embajador de Chile en España, Osvaldo Puccio, se llevó a cabo la entrega del Submarino "Carrera", en el puerto de Cartagena en España, dando así el punto de inicio a la vida naval de la Unidad. Su primer Comandante fue el Capitán de Navío Elio Corcuera. 

Tras largos días de entrenamiento, el "Carrera" inició su tránsito a la patria el día 24 de octubre de 2006, recalando el día 13 de diciembre del mismo año al puerto de Valparaíso.

El 09 de marzo del año 2007, durante una ceremonia efectuada en la Fuerza de Submarinos, el Comandante en Jefe del Ejército, General de Ejército Oscar Izurieta, entregó el Pabellón de Combate al Submarino.

Desde esa fecha comenzó su entrenamiento y preparación para las diferentes actividades operativas, con unidades de la Escuadra y buques independientes, participando también en la revista naval, efectuada el día 20 de septiembre del año 2010, la cual fue presidida por el, en ese entonces, Presidente de la República, Sebastián Piñera; acompañado por el Comandante en Jefe de la Armada de la época, Almirante Edmundo González y diferentes autoridades de gobierno.

La Unidad tuvo la oportunidad de participar durante el año 2011, en el ejercicio DESI, el que se efectúa en la ciudad de San Diego, Estados Unidos, logrando interactuar con diferentes marinas del cono sur.

El nombre del submarino es en homenaje al General José Miguel Carrera, prócer de la emancipación de Chile y destacado participante en las guerras de independencia, fue Jefe de Gobierno, primer General en Jefe del Ejército, considerado uno de los Padres de la Patria de Chile y el primer caudillo en la historia republicana de Chile, y uno de los primeros de América.